Prije nego što se antibiotici odobre za korištenje, prolaze rigorozna testiranja kako bi se minimizirale nuspojave. Općenito se smatraju sigurnima i dobro podnošljivima, ali nuspojave su ipak moguće. One mogu varirati od blagih simptoma poput vrućice i mučnine do ozbiljnijih reakcija, uključujući alergijske reakcije koje se mogu manifestirati kao osip ili, u težim slučajevima, poteškoće s disanjem ili anafilaksija.
Jedna od čestih nuspojava antibiotika je proljev, koji nastaje zbog promjena u crijevnoj mikroflori. To ne znači da treba prekinuti s antibioticima; umjesto toga, preporučuje se uzimanje probiotika kako bi se obnovila crijevna flora. Također, žene mogu iskusiti gljivične vaginalne infekcije tijekom ili nakon liječenja antibioticima zbog narušavanja vaginalne mikroflore. U takvim situacijama, umjesto prekida terapije, preporučuje se korištenje lokalnih tretmana poput vaginaleta ili krema.
Pacijenti koji primaju dugotrajnu terapiju trebaju nastaviti s njom i tijekom uzimanja antibiotika. Rijetko se javljaju lijekovi koji se ne smiju kombinirati s antibioticima, a liječnik će vas o tome obavijestiti. Neki antibiotici mogu smanjiti učinkovitost kontracepcijskih pilula, dok neki antacidi mogu ometati apsorpciju antibiotika vezanjem za njih. Čak i umjerena konzumacija alkohola ne utječe na djelovanje antibiotika, iako se ne preporučuje konzumacija alkohola u prekomjernim količinama dok se uzimaju antibiotici.
Najvažnija preporuka je završiti cijeli tijek antibiotske terapije, čak i ako se simptomi povuku. Mnogi pacijenti osjećaju poboljšanje već nakon nekoliko dana, što ih često navodi da sami prekinu liječenje. Međutim, to može rezultirati time da infekcija nije potpuno izliječena, već samo privremeno ublažena, što potencijalno dovodi do smanjenja osjetljivosti bakterija na određene antibiotike.
